Sejarah penubuhan Jabatan Bekalan Air adalah bermula pada 27 Mac 2004 apabila fungsi bekalan air di Cawangan Bekalan Air, Jabatan Kerja Raya dipindahkan ke Kementerian Tenaga, Air dan Komunikasi (KTAK) melalui Warta Kerajaan, Perintah Menteri-Menteri Kerajaan Persekutuan 2004. 

Seterusnya, pada 9 April 2009, Jabatan Bekalan Air telah diletakkan di bawah Kementerian Tenaga, Teknologi Hijau dan Air (KeTTHA). Rombakan Kabinet pada 2 Julai 2018 telah menyebabkan Jabatan Bekalan Air dipindahkan pula ke Kementerian Air, Tanah dan Sumber Asli (KATS) dengan mengekalkan fungsi yang sama.

Melalui surat pemakluman bertarikh 31 Mei 2019, selaras dengan pewartaan Perintah Menteri-Menteri Kerajaan Persekutuan 2019 [P.U.(A) 132] oleh Jabatan Peguam Negara pada 14 Mei 2019, status Jabatan Bekalan Air dipinda kepada Bahagian Bekalan Air (BBA).

Pada 1 April 2020, Mesyuarat Jemaah Menteri telah memutuskan penyusunan semula senarai agensi di bawah setiap kementerian melibatkan penyusunan dan penamaan semula beberapa buah kementerian. Melalui arahan tersebut yang berkuat kuasa pada 10 Mac 2020, BBA telah dipindahkan di bawah Kementerian Alam Sekitar dan Air (KASA). Status BBA sebagai sebuah Jabatan di bawah KASA telah diperjelas melalui Perintah Menteri-Menteri Kerajaan Persekutuan (No. 3 2020), [P.U.(A) 201] oleh Jabatan Peguam Negara pada 09 Julai 2020.

BBA mempunyai dua (2) pejabat operasi iaitu di Wilayah Persekutuan Putrajaya dan Wilayah Persekutuan Labuan. Kedua-dua pejabat BBA ini bertaraf Pusat Tanggungjawab (PTJ) yang telah menerima perwakilan kewajipan daripada Pegawai Pengawal dan bertanggungjawab untuk mengurus dan mengawal sumber kewangan di bawah seliaannya seperti peruntukan mengurus, peruntukan pembangunan, pengurusan akaun amanah dan pengurusan terimaan serta sumber-sumber lain yang berkaitan.

Jumlah keseluruhan perjawatan di BBA setakat 31 Disember 2022 adalah sebanyak 249 orang yang terdiri daripada pelbagai skim dan kumpulan perkhidmatan, dengan 150 perjawatan daripadanya ditempatkan di BBA Wilayah Persekutuan Labuan.